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Encoding:
Text File  |  1992-11-23  |  1.7 KB  |  44 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. Combine Alignments Sample Data
  2.  
  3. This function is intended for the situation when one wishes to combine
  4. two alignments that share at least one sequence in common. The user
  5. is prompted for a first and second input file, and the number of the
  6. sequence for each file to use for the realignment. It is important
  7. that this sequence will differ only in placement or number of gaps in 
  8. each sequence. For example, "taxA" is selected as the sequence in
  9. common to both input files below, which is identical in both files
  10. if gaps are ignored. The second input file can be either a single
  11. or multiple string sequences. If the latter, the second alignment can
  12. optionally be adjusted based on the first, then included in the
  13. output (as in the example below). 
  14.  
  15. input file 1 'Seq.1' (sequence 1 of 6 -- taxA -- selected):
  16.  
  17. taxA ac..t.g.cctttacg..c.gg...ttaaag.c
  18. taxB acccg.g.cctttacg..c.ggaaattaaag.c
  19. taxC ac..t.g.cctttacgccc.ggaaattaaag.c
  20. taxD ac..taggcctttacg..cggg...ttaaag.c
  21. taxE ac..taggcctttacg..c.gg...ttaaag.c
  22.  
  23. input file 2 'Seq.2' (sequence 3 of 6 -- taxA -- selected):
  24.  
  25. taxM ac..t.g.cctt.tacgcgg...ttacagc
  26. taxN ac..t.g.cctt.tacgcgg...ttaaa.c
  27. taxA ac..t.g.cctt.tacgcgg...ttaaagc
  28. taxO ac..t.g.cctt.taaacgg...ttacagc
  29. taxP accgtagtcctt.tacgcgg...tt.aagc
  30. taxQ ac..t.g.ccttatacgcggaccttaaagc
  31.  
  32. output file:
  33.  
  34. taxA ac..t.g.cctt.tacg..c.gg...ttaaag.c
  35. taxB acccg.g.cctt.tacg..c.ggaaattaaag.c
  36. taxC ac..t.g.cctt.tacgccc.ggaaattaaag.c
  37. taxD ac..taggcctt.tacg..cggg...ttaaag.c
  38. taxE ac..taggcctt.tacg..c.gg...ttaaag.c
  39. taxM ac..t.g.cctt.tacg..c.gg...ttacag.c
  40. taxN ac..t.g.cctt.tacg..c.gg...ttaaa..c
  41. taxA ac..t.g.cctt.tacg..c.gg...ttaaag.c
  42. taxO ac..t.g.cctt.taaa..c.gg...ttacag.c
  43. taxP accgtagtcctt.tacg..c.gg...tt.aag.c
  44. taxQ ac..t.g.ccttatacg..c.ggaccttaaag.c